Fakultet islamskih nauka u Sarajevu kroz tri razine studija na pojedinačnom planu nastoji odgajati i obrazovati cjelovite ličnosti, usavršavajući njihove duhovne, moralne, intelektualne i stručne kvalitete koji će se posebno realizirati u oblasti islamske teologije, islamske vjeronauke i religijskog odgoja.
Na kolektivnom planu misija Fakulteta je pridonijeti razvoju društva neprekidno razvijajući obrazovanje, učenje i istraživanje na najvišim stupnjevima znanstveno utvrđene izvrsnosti. Posebno se to ogleda u autentičnom izučavanju islama u perspektivi savremenog  nepristranog i znanstveno objektivnog mišljenja i znanosti. To će se nastojati ostvariti upoznavanjem studenata s temeljnim izvorima islama, Kur'anom i sunnetom, ali i s njihovim povijesnim realiziranjima u muslimanskoj misli i praksi, posebno uvažavajući vjerske i kulturološke posebnosti balkanskih prostora.
Svojom historijskom pozadinom iskazanom i u arhitektonskom rješenju zgrade u kojoj djeluje Fakultet islamskih nauka u Sarajevu predstavlja simbol susretanja i međusobnih prožimanja kultura dvaju svjetova, evropskog i islamskog. Otuda će se na njemu težiti proučavanju znanja koja su ugrađena u cjelokupnu, islamsku, ali i zapadnu kulturu i civilizaciju, u humanističke i društvene znanosti, što je u funkciji misije humanizma, boljeg razumijevanja među narodima, religijama i kulturama.

 

Inspiriran islamskim imperativima o promoviranju znanja i nastavljajući višestoljetnu tradiciju visokog islamskog obrazovanja u Bosni i Hercegovini Fakultet islamskih nauka u Sarajevu nastoji, integrirajući tradicionalne i savremene islamske znanosti, učvrstiti vodeću poziciju unutar europskog akademskoga prostora.