Vijeće doktorskoga studija formirano je i otpočelo sa radom u akademskoj 2015./2016. godini. Doktorski studij izvodi se iz islamskih nauka: akaid, tefsir, hadis, fikh, islamska filozofija, islamska kultura i civilizacija, te religijska pedagogija. Studij traje tri godine, šest semestara, a vrednuje se sa 180 ECTS.

Prva dva semestra su opće naravi, a u trećemu semestru doktorandi biraju užu oblast iz koje namjeravaju prijaviti temu doktorskoga rada. U prvome i drugome semestru doktorandi slušaju zajedničke obavezne predmete i polažu ispite. Treći i četvrti semestar planirani su za slušanje nastave iz, ukupno, tri izborna predmeta, zatm polaganje ispita, te objavljivanje četiri znanstvena rada, odnosno dva rada i učestvovanje na dvije znanstvene konferencije.

U četvrtome semestru doktorandi brane sinopsis teme, te prijavljuju temu doktorskoga rada.

Izborne predmete, kandidat odabire u dogovoru sa svojim mentorom, koji mu se dodjeljuje u trećemu semestru doktorskoga studija, nakon doktorandovoga prijedloga.

Po uspješnome okončanju studija, kandidat stječe zvanje „doktora islamskih nauka“, sa navođenjem uže znanstvene oblasti u kojoj je radio doktorsku tezu.

O izvođenju nastave brine se Vijeće doktorskoga studija, koje odgovora Vijeću Fakulteta.